「pdb」の検索結果

Pythonの実行を途中で止めて変数や処理の流れを調べ、例外発生時の状態や稼働中のプロセスも確認しながら、不具合の原因を追うスキル。

• 失敗するPythonテストの変数確認
• 予想外の状態変化を追いたいとき
• 例外発生時の状態を調べたいとき

Pythonの実行を途中で止め、変数や処理の流れを調べて不具合の原因を探ります。pdbとdebugpyを使い分け、失敗したテストや稼働中のプロセスも調査します。

• 失敗したテストの変数を調べたいとき
• 関数内のコレクションの変化を追う
• 例外発生地点の変数の確認

Parse and write protein structure files using Biopython Bio.PDB. Use when reading PDB, mmCIF, and MMTF files, downloading structures from RCSB PDB, or writing structures to various formats.

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Query RCSB PDB for experimental protein structures. Use when user asks about crystal structures, X-ray, cryo-EM, NMR structures, or PDB IDs. Triggers on "pdb", "crystal structure", "cryo-em", "x-ray structure", "protein crystal", "experimental structure".

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Retrieve protein sequences, annotation, and structures from UniProtKB, the RCSB PDB, and AlphaFold DB. Use this skill to resolve a gene or protein name to a UniProt accession, pull sequences and FASTA files, find binding sites and domains, search the PDB by UniProt accession, sequence, ligand, or text, download mmCIF/PDB coordinates and biological assemblies, fetch AlphaFold models with their pLDDT confidence, and check whether a structure is actually usable before docking or simulating it. Also trigger on UniProt accessions, PDB ids, rest.uniprot.org, search.rcsb.org, files.rcsb.org, alphafold.ebi.ac.uk, id mapping, SEQRES, or missing residues.

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Navigate protein structure hierarchy using Biopython Bio.PDB SMCRA model. Use when accessing models, chains, residues, and atoms, iterating over structure levels, or extracting sequences from PDB files.

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smina molecular docking CLI. AutoDock Vina fork with customizable scoring functions, native SDF/MOL2/PDB ligand input, autoboxing, local energy minimization, and per-atom score breakdowns. Pipeline: receptor PDBQT prep -> ligand prep (RDKit/OpenBabel) -> dock via autobox or explicit grid -> rescore/minimize with custom scoring -> rank poses by affinity. Choose smina over Vina when you need custom scoring terms (--custom_scoring), local optimization of an existing pose (--local_only), per-atom contributions (--atom_term_data), or SDF/MOL2 ligands without manual PDBQT conversion. For unknown binding sites use diffdock; for the Python-bindings/Vinardo workflow use autodock-vina-docking.

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Query RCSB PDB (200K+ structures) via the public REST + GraphQL APIs with plain `requests` (no SDK). Search by text, attribute, sequence, or 3D structure similarity (Search API); retrieve metadata via GraphQL (Data API); download PDB/mmCIF from files.rcsb.org. For AlphaFold predictions use alphafold-database-access; for protein sequences only use uniprot-protein-database.

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AbuselPDB integration. Manage data, records, and automate workflows. Use when the user wants to interact with AbuselPDB data.

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Fetch and analyze protein structures from RCSB PDB. Use this skill when: (1) Need to download a structure by PDB ID, (2) Search for similar structures, (3) Prepare target for binder design, (4) Extract specific chains or domains, (5) Get structure metadata. For sequence lookup, use uniprot. For binder design workflow, use binder-design.

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Automate Abuselpdb tasks via Rube MCP (Composio). Always search tools first for current schemas.

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跨版本符号迁移与二进制差分。当你有旧版本的符号/逆向结果，需要快速迁移到新版本时使用。 适用场景：内核缺 PDB 用旧版符号推导、程序更新后批量迁移函数名、应用更新后快速定位新偏移。 核心方法：用 LLM 做结构化差异比对，程序化输入输出，成本极低（200 函数 ~1 元）。 触发关键词：符号迁移、bindiff、跨版本、PDB 缺失、函数偏移迁移、symbol migration、binary diff、版本对比。

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Analyzes indicators of compromise (IOCs) including IP addresses, domains, file hashes, URLs, and email artifacts to determine maliciousness confidence, campaign attribution, and blocking priority. Use when triaging IOCs from phishing emails, security alerts, or external threat feeds; enriching raw IOCs with multi-source intelligence; or making block/monitor/whitelist decisions. Activates for requests involving VirusTotal, AbuseIPDB, MalwareBazaar, MISP, or IOC enrichment pipelines.

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Improves GKE workload reliability, using PDBs, health probes, and topology spread constraints. Use when configuring GKE workload reliability, setting up PDBs, or configuring GKE health probes (liveness, readiness, startup). Don't use for generating K8s YAML manifests (use gke-manifest-generation) or disaster recovery and cluster backups (use gke-backup-dr).

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Automate Abuselpdb tasks via Rube MCP (Composio). Always search tools first for current schemas.

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Submit compact RCSB PDB requests for core metadata, Search API queries, and FASTA downloads. Use when a user wants concise RCSB summaries; save raw JSON or FASTA only on request.

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Inverse-fold a protein backbone (PDB structure) into amino-acid sequence with ProteinMPNN (Dauparas et al. 2022, github.com/dauparas/ProteinMPNN). Reach for this skill to run sequence design on RFdiffusion backbones, to redesign one chain of a PDB while holding interface residues fixed, or to generate a temperature-swept set of sequences for downstream folding.

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Performs 3D structural searches of proteins against various databases (PDB, AlphaFold, CATH, MGnify, etc.) using the Foldseek API. Use ONLY when the user provides a physical 3D coordinate file (.cif, .mmcif, or .pdb) and wants to find structurally similar proteins. Do NOT use if the user only provides a protein sequence, gene name, or UniProt ID.

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Perform geometric calculations on protein structures using Biopython Bio.PDB. Use when measuring distances, angles, and dihedrals, superimposing structures, calculating RMSD, or computing solvent accessible surface area (SASA).

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Modify protein structures using Biopython Bio.PDB. Use when transforming coordinates, removing atoms or residues, adding new entities, modifying B-factors and occupancies, or building structures programmatically.

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Use Bio.PDB to parse and analyze protein structures (PDB/mmCIF) for structural bioinformatics tasks; use when you need structure parsing, geometry calculations, or structural comparison/superposition.

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跨版本符号迁移与二进制差分。当你有旧版本的符号/逆向结果，需要快速迁移到新版本时使用。 适用场景：内核缺 PDB 用旧版符号推导、程序更新后批量迁移函数名、应用更新后快速定位新偏移。 核心方法：用 LLM 做结构化差异比对，程序化输入输出，成本极低（200 函数 ~1 元）。 触发关键词：符号迁移、bindiff、跨版本、PDB 缺失、函数偏移迁移、symbol migration、binary diff、版本对比。

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Look up EMDB cryo-EM density maps and fitted atomic models via the entry REST API + EBI Search WS. Fetch entry metadata (resolution, method, organism, sample), map download URLs, fitted PDB IDs, and citations. Keyword search via EBI Search. No auth. For atomic coordinates use pdb-database; for AlphaFold predictions use alphafold-database-access.

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Query IUPHAR/BPS Guide to Pharmacology (GtoPdb) for receptor-ligand interactions, target/ligand metadata, families, and approved drugs. Affinities (pKi/pIC50/pKd), action (Agonist/Antagonist/etc.), species, structures (SMILES/InChI). No auth. Always resolve targets via geneSymbol/accession; most metadata lives in sub-resources (/databaseLinks, /structure, /synonyms).

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