gjf_editor 技能

功能说明

该技能用于编辑或创建 Gaussian 输入文件（.gjf），主要功能包括：

• 为 OpenBabel 生成的基础 gjf 文件添加完整的计算参数（Link 0 指令、Route 行、电荷和多重度）
• 支持从零创建新的 gjf 文件（不提供输入文件时）
• 支持添加 %oldchk 参数用于 restart 计算

触发条件

• 当需要为 Gaussian 计算准备输入文件时使用此技能
• 当需要将简单的坐标文件转换为完整的 Gaussian 输入文件时使用此技能
• 当需要设置 restart 计算参数（%oldchk）时使用此技能

核心功能

• 添加 Link 0 指令：%chk、%oldchk、%nprocshared、%mem
• 设置 Route 行关键词
• 设置电荷和多重度
• 保留或自定义标题行
• 从零创建空的 gjf 文件模板

使用方法

python scripts/run_gjf_editor.py --input_path <输入文件> --output_path <输出文件> --chk <检查点文件> --keywords <关键词>

参数说明

参数	类型	必填	默认值	说明
input_path	string	否	-	输入 gjf 文件路径，省略则创建新文件
output_path	string	是	-	输出 gjf 文件路径
chk	string	是	-	检查点文件名，如 acetic_opt.chk
oldchk	string	否	-	上一步检查点文件名，用于 restart
nprocshared	int	否	16	CPU 核数
mem	string	否	8GB	内存设置
keywords	string	是	-	Route 关键词，如 B3LYP/6-31G(d)
charge	int	否	0	分子总电荷
multiplicity	int	否	1	自旋多重度
title	string	否	Acetic acid opt freq	标题行

示例

示例 1：编辑已有 gjf 文件

python scripts/run_gjf_editor.py \
  --input_path acetic_no_param.gjf \
  --output_path acetic_opt.gjf \
  --chk acetic_opt.chk \
  --keywords "B3LYP/6-31G(d) opt freq" \
  --nprocshared 16 \
  --mem 8GB \
  --charge 0 \
  --multiplicity 1 \
  --title "Acetic acid opt freq"

示例 2：带 restart 参数的单点能计算

python scripts/run_gjf_editor.py \
  --input_path acetic_no_param.gjf \
  --output_path acetic_sp.gjf \
  --oldchk acetic_opt.chk \
  --chk acetic_sp.chk \
  --keywords "B3LYP/6-31G(d) geom=allcheck guess=read" \
  --nprocshared 16 \
  --mem 8GB

示例 3：从零创建新文件

python scripts/run_gjf_editor.py \
  --output_path new_molecule.gjf \
  --chk new_molecule.chk \
  --keywords "B3LYP/6-31G(d) opt"

输出格式

生成的 gjf 文件结构：

%oldchk=acetic_opt.chk          ← 可选，仅当提供 oldchk 参数时
%chk=acetic_sp.chk
%nprocshared=16
%mem=8GB
#p B3LYP/6-31G(d) geom=allcheck guess=read

Acetic acid opt freq

0 1
[坐标行]                         ← 从输入文件提取或为空

注意事项

• UTF-8 编码读写
• 输出目录不存在时自动创建
• 若不提供输入文件，生成的 gjf 文件仅包含参数部分，需手动添加坐标