openBabel_skill

功能概述

该算子基于 OpenBabel 实现分子格式转换和3D构象生成功能。支持多种化学分子文件格式之间的相互转换，并可从 SMILES 或 2D 结构生成带三维坐标的3D结构。

核心功能

• 格式转换: 在 .smi、.mol、.xyz、.gjf、.sdf 等格式之间转换
• 3D构象生成: 从 SMILES 或 2D 结构生成带坐标的 3D 结构

支持的文件格式

输入格式：.smi, .mol, .xyz, .gjf, .sdf 等 OpenBabel 支持的所有格式

输出格式：.xyz, .mol, .gjf, .sdf 等 OpenBabel 支持的所有格式

使用示例

命令行调用

# 普通格式转换：smi转xyz
python scripts/run_openBabel_skill.py \
  --inputPath /path/to/acetic.smi \
  --outType xyz \
  --isGen3d false \
  --outputDir /path/to/output \
  --primaryOutputPath /path/to/output/acetic.xyz \
  --compressedOutputPath /path/to/output/output.zip

# 生成3D构象：smi转xyz
python scripts/run_openBabel_skill.py \
  --inputPath /path/to/acetic.smi \
  --outType xyz \
  --isGen3d true \
  --outputDir /path/to/output \
  --primaryOutputPath /path/to/output/acetic.xyz \
  --compressedOutputPath /path/to/output/output.zip

# mol转gjf格式
python scripts/run_openBabel_skill.py \
  --inputPath /path/to/molecule.mol \
  --outType gjf \
  --isGen3d false \
  --outputDir /path/to/output \
  --primaryOutputPath /path/to/output/molecule.gjf \
  --compressedOutputPath /path/to/output/output.zip

# xyz转sdf格式并生成3D
python scripts/run_openBabel_skill.py \
  --inputPath /path/to/molecule.xyz \
  --outType sdf \
  --isGen3d true \
  --outputDir /path/to/output \
  --primaryOutputPath /path/to/output/molecule.sdf \
  --compressedOutputPath /path/to/output/output.zip

参数说明

参数	类型	必填	默认值	说明
inputPath	string	是	-	输入文件完整路径，例如 /work/jobs/acetic/acetic.smi
outType	string	是	-	输出格式，例如 xyz、mol、gjf、sdf
isGen3d	bool	是	-	是否生成3D构象
outputDir	string	是	-	本次任务输出的工作目录
primaryOutputPath	string	是	-	主输出文件完整路径
compressedOutputPath	string	是	-	其他输出文件压缩包完整路径

输出说明

输出文件结构

outputDir/
├── <filename>.<outType>    # 主输出文件（转换后的分子文件）
├── stdout.txt              # 标准输出日志
├── stderr.txt              # 标准错误日志
├── openbabel.log           # 主日志文件
├── summary.md              # 任务摘要markdown文件
└── openbabel_output.zip    # 所有输出文件的压缩包

输出参数说明

参数	类型	说明
outputDir	string	本次运行目录
primaryOutputPath	string	主输出文件路径
compressedOutputPath	string	其他输出文件压缩包路径

summary.md 内容格式

summary.md 文件包含以下信息：

• 任务状态: 任务执行状态和输出目录
• 生成文件列表: 包含所有生成文件的路径、类型和大小
• 结构化摘要: 输入文件、输出格式、是否生成3D等信息
• 日志路径: 主日志、stdout、stderr的路径
• 错误信息: 如果任务失败，包含人类可读的错误原因

注意事项

1. 需要在系统中安装 OpenBabel 组件
2. 脚本会自动尝试 obabel 和 openbabel.obabel 两种命令
3. 输出目录不存在时会自动创建
4. 主输出文件名称与输入文件一致，仅扩展名变更
5. 所有中文内容按 UTF-8 处理
6. 当 isGen3d 为 true 时，会添加 --gen3d -best 参数进行3D构象生成