Paper Write SCI

• 写出更像作者本人、而不是通用 AI 模板的论文
• 控制 SCI 论文语气，少用带冒号的口语化解释句，优先写成自然递进的完整句
• 在 Introduction 中协调核心观点、核心痛点和核心问题的出现频率，避免反复重提同一主张导致冗余
• 在写作与修订过程中严格保护数字、逻辑和术语一致性
• 默认直接推进修改；当用户需要人机协作时，只输出计划，不直接改论文
• 除明确约定的对外交付物外，把所有中间文件收敛到 <paper_dir>/.bensz-api/task-{yyyymmdd-hhmm}-{简短描述}/paper-write-sci/{yyyy-mm-dd-hh-mm}/

输入

输入项	是否必须	说明
论文源代码目录	必须	LaTeX 论文项目根目录
Figure/Table 注释	必须	解释每张图表支撑什么论点、有哪些关键数字
用户要求	可选	例如“只改 Results”“偏保守润色”“补强 Discussion”
参考论文/参考作者材料	可选	用于提炼额外风格信号，只学风格，不抄句子
运行模式	可选	默认值与别名以 config.yaml:mode 为准
风格	可选	默认值与可用列表以 config.yaml:style 为准

流程

输入

按用户请求和配置文件提供必要输入；缺失信息应明确列出并停止依赖该输入的步骤。

执行步骤

• 因本 skill 设计缺陷导致的 bug，先用 bensz-collect-bugs 规范记录到 ~/.bensz-skills/bugs/，不要直接修改用户本地已安装的 skill 源码；若有 workaround，先记 bug，再继续完成任务
• 只有用户明确要求“report bensz skills bugs”等公开上报时，才用本地 gh 上传新增 bug 到 huangwb8/bensz-bugs；不要 pull 或 clone 整个仓库

用于根据 LaTeX 论文项目、Figure/Table 注释和用户补充要求，撰写或优化 SCI 期刊论文正文。

执行时优先把确定性步骤交给脚本，把启发式判断留给 AI：

• 初始化工作区、模式归一化、风格选择、计划文件命名：使用 config.yaml:scripts.prepare_workspace
• 长规则块按需从 references/ 读取；不要把所有参考文档一次性塞进上下文

autonomous（默认）

• 发现问题就直接修复
• 采用最小必要改动原则
• 在写入任何新数字前，必须先过数字审查
• 在结束前，必须通过章节职责终审、全文一致性终审和逻辑树终审

collaborative

• 先完整读论文，再归纳缺陷和修改路径

• 计划仅作为人类审查材料，不对正文落笔

• 计划文件名、主题 slug、run_id 和输出目录都以 config.yaml:runtime_outputs 为准

• 计划内容至少包含：问题、证据、建议动作、影响章节、关联图表、风格锚点、章节分工风险、风险说明

• 风格目录：references/styles/

• 风格模板：references/styles/style-template.md

• 默认风格以 config.yaml:style.default 为准

当前风格：

风格	领域	作用
bensz-01	生物医学	以作者风格为中心，强调问题导向、方法命名、强数字对比、详尽且对非领域读者友好的 figure legend，以及诚实局限
general-01	通用 SCI	综合官方 SCI 写作建议，提供未指定领域时的稳健默认风格

风格使用原则：

1. 优先使用用户显式指定的风格
2. 若用户提供了参考论文或作者材料，可在所选风格基础上提炼额外信号，保存到当前运行目录的 analysis/reference-style.md
3. 若用户未指定，则使用 config.yaml:style.default
4. 风格服务于“更像人”，不是为了堆砌花哨句子
5. 风格只能改变表达方式，不能改变事实、数字和逻辑
6. 当任务是“全面润色”“重写 Discussion”或任何明显涉及 Discussion 去结果化的请求时，先用 general-01 守住章节分工底线，再叠加 bensz-01 的作者感；不要让作者风格压过章节职责

优先只读取当前任务所需的参考文件：

• 风格与章节写法：references/writing-style-guide.md、references/styles/bensz-01.md、references/styles/general-01.md
• 执行护栏与通过标准：references/execution-guards.md
• 协作计划模板：references/collaborative-plan-template.md
• 数字审查模板：references/templates/number-check-template.md
• 章节职责审查模板：references/templates/section-role-check-template.md
• Discussion audit 模板：references/templates/discussion-role-check-template.md
• 逻辑树模板：references/templates/logic-tree-template.md
• 逻辑审查模板：references/templates/logic-check-template.md

读取建议：

• 涉及章节串位、Discussion 重写或全文终审时，读取 references/execution-guards.md
• 只做风格化润色或图注润色时，优先读取 writing-style-guide.md 和目标风格文件
• 新增风格时，再读取 references/styles/style-template.md

阶段 0：初始化

1. 确认论文目录、Figure/Table 注释存在且可读
2. 定位主入口 tex，优先检查 main.tex
3. 扫描 \input{} 和 \include{}，建立章节路径映射
4. 识别构建方式与受保护格式文件
5. 运行 python3 scripts/prepare_workspace.py --paper-dir <paper_dir> [--mode ...] [--style ...] [--topic ...] [--reference-material ...]
6. 根据脚本输出确认本轮 {yyyy-mm-dd-hh-mm} 目录、协作计划路径和隐藏工作区根目录
7. 若有参考论文或参考作者材料，提炼补充风格信号
8. 若任务涉及章节职责、数字、缩写或逻辑高风险问题，读取 references/execution-guards.md

阶段 1：理解当前论文

1. 读取全文正文与关键 front/back matter
2. 对照 Figure/Table 注释，提取每张图表支撑的论点
3. 识别已有优质段落、薄弱段落、事实风险、风格不一致位置
4. 标记章节职责风险，特别是 Introduction 泄露结果、Results 过度解释、Discussion 复述结果的段落
5. 标记 Introduction 中核心观点、核心痛点、核心问题被重复表达的位置，判断哪些句子应合并、前移、后置或删除
6. 初步构建逻辑树并写入当前运行目录的 analysis/logic-tree.md
7. 若任务涉及全文缩写治理，按 references/execution-guards.md 建立 analysis/abbreviation-inventory.md

阶段 2：决定执行路径

collaborative

• 按 config.yaml:runtime_outputs.collaborative_plan_pattern 生成计划文件
• 计划应聚焦“缺陷与修复建议”，而不是直接给改后全文
• 计划必须显式写出 section-role risk
• 到此停止，不修改正文

autonomous

• 制定内部修订顺序
• 优先修正事实错误、数字风险和逻辑断裂
• 再做结构优化、语言润色和风格统一

阶段 3：逐节写作或修订

默认顺序：

Introduction -> Methods -> Results -> Discussion -> Conclusion ->
Additional Information -> Figure Legends -> Supplementary Materials -> Abstract

每节处理时：

1. 先读现有文本和对应图表证据
2. 先判断该节的章节职责，再用所选风格判断“应该怎么写更像作者”
3. 写句子时少用 X: Y、This means: ...、The reason is: ... 这类冒号解释句；除方法标签、列表、图注必要标记外，优先改成自然从句、分号或独立句
4. 写 Introduction 时，把核心问题、核心痛点和核心贡献分别安排在最合适的一处展开；后文只做推进或收束，不反复用近义句重说同一主张
5. 若涉及长规则判断，回到 references/execution-guards.md
6. 若涉及新数字，先过数字审查
7. 若命中 Discussion audit 触发条件，先完成专项审查，再动笔
8. 若涉及新增、删除或改写缩写，先回查 analysis/abbreviation-inventory.md
9. 在 autonomous 模式下对目标 tex 做最小必要修改，并遵守 config.yaml:tex_readability
10. 更新逻辑树与必要的全文一致性记录，确保局部改动没有破坏全局

处理 Figure Legends 或 Supplementary Materials 时：

• 对每个 panel 解释读图所需的最小视觉语法
• 对首次出现且不够直观的术语或缩写，补全称并给一句短定义
• 只保留帮助读图的必要方法细节，避免把整段 Methods 重复进 legend

阶段 4：终审

1. 发起 section-role-check
2. 完成全文一致性复核，包括数字、缩写、Figure/Table 引用与图注一致性
3. 复查全文冒号解释句是否过密，特别是段首、段尾和 Introduction 贡献句
4. 复查 Introduction 是否反复提及同一个核心问题、痛点或贡献；若重复没有推进逻辑，应合并或删除
5. 对最新文本重建逻辑树并发起逻辑审查
6. 若有阻塞性问题，修复后再复审

阶段 5：渲染与交付

按以下优先级检测构建链：

1. 项目内置一键构建或导出脚本
2. scripts/manuscript_tool.py
3. Makefile
4. latexmk
5. 直接 xelatex

若存在 Word 导出链，也应尝试执行。构建日志放入当前运行目录的 render/。

• 运行准备脚本：scripts/prepare_workspace.py
• 执行护栏：references/execution-guards.md
• 风格模板：references/styles/style-template.md
• bensz-01：references/styles/bensz-01.md
• general-01：references/styles/general-01.md
• 协作计划模板：references/collaborative-plan-template.md
• 章节写作指南：references/writing-style-guide.md
• 数字审查模板：references/templates/number-check-template.md
• 章节职责审查模板：references/templates/section-role-check-template.md
• Discussion audit 模板：references/templates/discussion-role-check-template.md
• 逻辑树模板：references/templates/logic-tree-template.md
• 逻辑审查模板：references/templates/logic-check-template.md

输出

autonomous

• 直接修改目标正文文件
• 将分析、审查、渲染日志写入当前运行目录 <paper_dir>/.bensz-api/task-{yyyymmdd-hhmm}-{简短描述}/paper-write-sci/{yyyy-mm-dd-hh-mm}/
• 若检测到可用构建链，尝试重新渲染 PDF 和 Word

collaborative

• 只输出计划文件，文件名模式以 config.yaml:runtime_outputs.collaborative_plan_pattern 为准，默认带上本轮 run_id
• 计划中总结论文缺陷、证据、建议修复方案、影响文件和风险
• 不直接修改论文内容
• 计划以外的中间文件仍写入当前运行目录 <paper_dir>/.bensz-api/task-{yyyymmdd-hhmm}-{简短描述}/paper-write-sci/{yyyy-mm-dd-hh-mm}/

输出管理

本 Skill 的新任务中间文件统一写入 ./.bensz-api/task-{yyyymmdd-hhmm}-{简短描述}/{skill名}/input|output|log/。同一任务复用一个任务根目录；多 Skill 协作才创建 shared/。正式交付物不写入该目录，历史隐藏目录只允许显式兼容读取、迁移或清理。

除下列“明确约定的对外交付物”外，其余中间文件都必须放在 <paper_dir>/.bensz-api/task-{yyyymmdd-hhmm}-{简短描述}/paper-write-sci/{yyyy-mm-dd-hh-mm}/：

• plans/{collaborative_plan_pattern}
• 论文最终构建产物，例如项目已有的 PDF 和 Word 输出

禁止再使用旧目录 .write-paper-sci/ 与更早的 .write-paper/。

校验

完成后执行 Skill 已有的静态检查、脚本验证或人工复核，并记录通过标准。

失败与恢复

保留错误证据和已完成产物；仅在输入、环境或外部依赖恢复后从最近的失败步骤重试。

约束

• 不修改 artifacts/、*.sty、*.cls、*.bst、*.bbx、*.cbx、latexmkrc
• 不改 main.tex 的结构，除非用户明确要求
• 不编造数字
• 不把缩写检查降级成“当前文件自洽”
• 不允许同一概念在不同 tex 中使用冲突缩写、冲突全称或忽有忽无的定义
• 不要为了局部简洁随意新造缩写；若新缩写不会在全文稳定复用，优先不用
• 不为“排版整齐”而重排无关段落或整节 .tex
• 不把 SCI 正文写成冒号驱动的口语化说明；冒号只用于确有必要的标签、列表、图注结构或期刊格式要求
• 不在 Introduction 中反复重提同一个核心观点、痛点或问题；每次出现都必须承担新的逻辑推进功能
• 用户要求“只改某节”时，严格限制改动范围
• 用户要求协作模式时，严格禁止直接修改论文

公共硬约束

• 任务需要落盘时，使用唯一的 ./.bensz-api/task-{yyyymmdd-hhmm}-{简短描述}/ 根目录；共享材料放入 shared/，Skill 专属材料放入该 Skill 的 input/、output/、log/。
• 正式交付物、源代码和正式计划按项目约定保存，不写入任务工作区；未经授权不覆盖、删除、迁移或远程写入。
• 项目维护变更检查 BAC 可用性并记录需求、AI 产出、工具结果、文件改动和验证摘要；BAC 只做过程审计，不替代署名、责任或合规判断。
• 不记录 API Key、访问令牌、密码、Cookie、环境/凭据文件、私有 Prompt、身份信息、本地用户名、主机名或不必要的大体积原始数据。
• 文件路径必须规范化并限制在授权项目范围内；外部 URL、子进程和网络访问遵循最小权限，防止路径遍历、SSRF 和命令注入。
• Skill 版本唯一记录在自身 config.yaml:skill_info.version；公开 API、协议、目录或配置变更同步文档与 CHANGELOG.md。
• 仅将 Skill 或 Bensz 基础设施本身的设计缺陷交给 bensz-collect-bugs；先脱敏写入 ~/.bensz-skills/bugs/，当前任务不中断，只有用户明确要求才公开上报，禁止直接修改用户已安装的 Skill 源码。

<!-- End of canonical common constraints. -->

Skill 专属约束

不得超出本 Skill description 和上方流程所声明的范围；不将未验证的信息伪装成确定结论。